Giardia lamblia representa uno de los parásitos intestinales más frecuentes en nuestro país, asociado principalmente con infecciones en niños. Se realizó un estudio de corte transversal en el periodo 2010-2013, con el objetivo de describir la infección de G. lamblia, en niños de La Habana y del municipio Fomento, y relacionar los resultados de la caracterización molecular de este protozoo intestinal mediante dos marcadores genéticos con variables clínicas recogidas en encuestas epidemiológicas. La infección por G. lamblia fue muy
frecuente en los niños estudiados, con un riesgo incrementado en aquellos que tomaban agua no hervida y con tenencia de perros en el hogar. Los marcadores genéticos triosafosfato isomerasa (tpi) y las secuencias intergénicas del ADNr (IGS-ADNr) mostraron resultados idénticos de concordancia en la clasificación de los ensambles genéticos de G. lamblia y un mejor porcentaje de tipificación de las muestras de heces estudiadas. La identificación del ensamble B y de los sub ensambles AII y BIII de G. lamblia fue predominante en los niños infectados por este protozoo intestinal, en comparación con el ensamble A y mixto A+B y los sub ensambles AI y BIV. En los niños solo infectados con G. lamblia la infección por el ensamble genético B de G. lamblia estuvo asociado significativamente con diarrea o dolor abdominal o flatulencia, especialmente en niños menores de 5 años de edad.