Se presenta la frecuencia de Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA) en lesiones ulceradas de pacientes cubanos (2012-2017), su relación con variables clínico-epidemiológicas, así como la identificación de los subtipos/genotipos y determinantes genéticos asociados a resistencia a antimicrobianos en la bacteria. La implementación de herramientas moleculares en el Laboratorio Nacional de Referencia del IPK determinó que 53,8 % de los pacientes estaban infectados con TPA y que individuos jóvenes, la seropositividad al VIH, las relaciones sexuales entre hombres y el no uso del condón constituyeron predictores de riesgo para el desarrollo de úlceras sifilíticas. Se constató diversidad genética en los treponemas identificados, sustentada en la variedad de subtipos (8)/genotipos (7) circulantes, la presencia de eventos de recombinación genética y la detección de T. pallidum subsp. endemicum (agente causal de bejel). Además se identificó la presencia de mutaciones de resistencia a los macrólidos en 90,3 % de los aislados de TPA, lo que sugiere el no uso de este antimicrobiano como tratamiento alternativo de la sífilis venérea. Esta es la primera investigación de su tipo en Cuba, y sus resultados constituyen elementos esenciales para los programas de prevención y control de las infecciones de transmisión sexual en Cuba y el mundo.