En el departamento del Meta se desconoce la presencia de etiologías diferentes a dengue como causas del síndrome febril agudo (SFA) no palúdico. Con el objetivo de determinar la seroprevalencia de dengue, leptospirosis, hantavirosis y rickettsiosis en pacientes de esta región colombiana, se realizó un estudio de corte transversal en el periodo entre mayo de 2013 a junio de 2014. A 100 pacientes con SFA se les tomó muestras pareadas de suero, a las que se les aplicó ELISA (IgM e IgG) para detección de anticuerpos contra dengue y hantavirus; inmunofluorescencia indirecta para rickettsiosis y microaglutinación para leptospirosis. Además, se capturaron garrapatas para la detección de ADN de Rickettsia sp. Este estudio demostró que en el Meta circulan Rickettsia (1%) y Hantavirus (3%), agentes que aún no son de notificación obligatoria en el país. De igual forma, se muestra el subregistro de leptospirosis (29%) y se corrobora la importancia del virus Dengue (44%) como principal agente etiológico de los SFA en esta zona del país. Se evidencia por primera vez en el Meta la presencia de Rickettsia sp. cepa Colombianensi. Este es el primer estudio que se realiza en la región y los resultados obtenidos permiten generar una alerta epidemiológica.