Se estudiaron 501 aislamientos de Enterococcus procedentes de 26 hospitales cubanos del periodo 2000-2005 para conocer las especies circulantes, susceptibilidad antimicrobiana y mecanismos implicados, virulencia, diversidad genética y relación filogenética con aislamientos del resto del mundo. Las especies más prevalentes fueron Enterococcus faecalis y E. faecium. La resistencia a glicopéptidos (0,4%) y ampicilina (5,4%) se detectó en baja proporción, mientras que se observó un alto porcentaje de resistencia a los aminoglucósidos (gentamicina, 32%; estreptomicina, 27% y kanamicina, 29%) mediada por los genes aac(6')Ie-aph(2")Ia, aph(3')-IIIa, ant(6)Ia, ant(3")(9). La resistencia a eritromicina (35%) y a tetraciclina (54%) se correlacionó con la presencia de los genes erm(B) (71%), tet(L) (7%) y tet(M) (78%). En el 92% de los aislamientos se evidenció, al menos, un gen de virulencia y E. faecalis resultó ser la especie más virulenta. Se detectó una diseminación inter e intrahospitalaria de clones de Enterococcus y la resistencia antimicrobiana detectada obedeció a la diseminación de clones resistentes y a la transferencia de elementos genéticos móviles. La caracterización de E. faecalis mediante Multilocus sequence typing reveló una relación filogenética estrecha entre los aislamientos de Cuba y los previamente descritos en Europa lo que sugiere la existencia de un ancestro común.