Al reemerger la Tuberculosis (TB) en Cuba en 1994, se actualiza el Programa Nacional de Control de la TB (PNCT) y se implementa la estrategia Centro Nacional de Referencia/ Comisiones Provinciales de TB Infantil (CRTB/CPTB). Con el objetivo de describir el comportamiento de la TB a partir de su implementación, se realizó una investigación en servicios y sistemas, en 130 menores de 15 años diagnosticados con TB, comparando las etapas I (1995-99) y II (2000-05). La tasa de TB infantil disminuyó en un 50% durante el estudio. Predominó en niños de 1 a 4 años, y en su localización pulmonar (62,4%). Las formas clínicas se relacionaron significativamente a la ausencia de síntomas clínicos, presencia de fiebre, tos y alteraciones en el examen físico, con pobre confirmación bacteriológica (30,9%). El 5,4% presentó formas graves, y se conoció la fuente de infección en el 72,3%. No se reportó resistencia a drogas ni coinfección con el virus de la Inmunodeficiencia Humana. El diagnóstico se retardó en el 36,9%, se realizó en el control de foco en el 23,1% y post mortem en 3 casos graves, con 4 fallecidos (3%), todos en la I Etapa. Todos los niños recibieron tratamiento supervisado y no hubo casos crónicos, abandonos ni fallos de tratamiento. Se concluye que los indicadores de proceso del PNCT no muestran un resultado favorable durante el periodo de estudio, sin embargo, hay una mejoría sustancial en los indicadores de impacto en la II Etapa, con cifras similares al periodo previo a la reemergencia y a las que muestran países desarrollados, lo cual puede ser expresión de las acciones desarrolladas en el marco del sistema de Salud cubano, a través de la implementación de la estrategia CRTB/CPTB. Se recomienda fortalecer este trabajo, con vistas a eliminar la TB como problema de salud en Cuba para el año 2015