Se presentan evidencias sobre la circulación de diferentes variantes genéticas de los virus influenza A y B en Cuba y de la relación de marcadores de la respuesta inmune del hospedero con la severidad de la enfermedad. Se demostró que los virus influenza A y B en Cuba evolucionaron hacia diferentes variantes genéticas, representadas por los linajes incluidos en las vacunas estacionales. Algunas de las variantes detectadas divergieron genéticamente de los linajes de la vacuna estacional. Durante una de las temporadas se detectó la co-circulación de cepas pertenecientes a los linajes B/Victoria/87 y B/Yamagata/88 de los virus influenza B. Se detectó la circulación de diferentes variantes genéticas del virus influenza A(H1N1)pdm09 con diferentes mutaciones, con el predominio del grupo genético 7 caracterizado por la mutación S203T en el sitio de unión al receptor. La sobre expresión de los niveles de RANTES y TLR-2, y la presencia de la deleción CCR5Δ32 sugiere su participación en la severidad del cuadro clínico producido por el virus influenza A(H1N1)pdm09. Se evidenció la circulación de variantes de virus influenza A(H3N2) y A(H1N1)pdm09 resistentes a los bloqueadores del canal M2. Las variantes resistentes a los inhibidores de la neuraminidasa emergieron en el virus influenza A(H1N1) estacional a partir del año 2008, después de la ganancia de mutaciones permisivas. También se detectó la mutación S162N en la HA del virus pandémico, sugiriendo la posible multiplicación de estas variantes en presencia de los inhibidores de la neuraminidasa.