Se realizó una investigación con el objetivo de caracterizar la prevalencia, el comportamiento clínico y la supervivencia de las cardiopatías congénitas así como variables epidemiológicas de riesgo asociadas, con un alcance preventivo, entre 2000 y 2008 en Villa Clara. La muestra para el estudio clínico fue de 371 productos nacidos vivos con una cardiopatía congénita diagnosticada antes de los 28 días, nacidos muertos, abortos espontáneos e interrupciones de la gestación de causa genética. Se caracterizaron clínicamente la totalidad de los productos y los nacidos vivos mediante variables clínicas, de seguimiento clínico, la intervención quirúrgica y la supervivencia hasta los doce meses de vida. Se realizó análisis epidemiológico que incluyó 329 casos y 329 controles, evaluación bivariante y multivariante de riesgos mediante V de Cramer y regresión logística binaria, con la muestra conjunta y estratificada por edad materna para descartar efecto confusor. Se realizó un estudio clínico, de supervivencia y de asociación bivariante de factores de riesgo a grupos de cardiopatías con mecanismos genéticos y moleculares comunes. La tendencia decreciente de la prevalencia ajustada de cardiopatías congénitas a la etapa neonatal y en nacidos vivos, refleja los resultados del programa de prevención prenatal y la asistencia médica materno infantil, e identifica brechas en la promoción de salud preconcepcional. La supervivencia fue superior al 75 % y diversas variables clínicas se relacionaron con la morbilidad y mortalidad, que resultan importantes para trazar estrategias en el seguimiento clínico y mejorar el pronóstico neonatal. La elevada coincidencia de las variables asociadas a las CC por los distintos análisis fue evidencia de la consistencia del estudio analítico y las asociaciones de riesgo encontradas. Las cardiopatías congénitas con una base genética y molecular común mostraron mayor frecuencia de las anomalías del flujo hemático, y la presentación asociada. Se encontraron diferencias en la supervivencia y en los factores de riesgo asociados, que contribuyen a la comprensión de su causalidad. La investigación tiene contribución científica y social, ya que los factores de riesgo genéticos y ambientales que se asociaron a las cardiopatías congénitas aportan al conocimiento teórico en la búsqueda de su etiopatogenia y el ordenamiento según su importancia, facilita su inclusión en programas preventivos mediante la dispensarización del riesgo preconcepcional en la atención primaria de salud, como vínculo de la neonatología con la comunidad.