Las expansiones de CAG en el gen ATXN2 causan SCA2, y se asocian con Esclerosis Lateral Amiotrófica, Parálisis Supra nuclear Progresiva y Enfermedad de Parkinson. No se conocen mecanismos moleculares explicativos del origen de estas alteraciones genéticas. El efecto fenotípico de esta mutación es pleiotrópico existiendo un conocimiento limitado de los fenómenos moleculares asociados a esta variabilidad. Se presenta la más amplia caracterización de los polimorfismos genéticos asociados con la expansión de CAG de ATXN2, no afectada por SCA2. Se determina la relación existente entre la frecuencia de alelos largos normales y la de SCA2 (r2=0.841, p<0.000). Los alelos largos mostraron inestabilidad i) somática y ii) intergeneracional (χ2=159.80, p<0.0000). Se definió el rango premutacional desde expansiones de 25-31CAG. Se identifican factores genéticos que determinan el origen de mutaciones nuevas desde expansiones no patogénicas. Se comprobó que a partir de estas expansiones se originaron expansiones patogénicas causales de ELA y SCA2. Se identificó metilación la cual modificó el debut de la SCA2 (χ2=11.59, p<0.0007). Se aplica esta información al asesoramiento genético. Se demuestra el origen de las mutaciones y la metilación de ATXN2, siendo importante para atender y tratar las enfermedades con estas mutaciones en ATXN2.