En el presente estudio se implementó un ensayo genotípico para determinar la resistencia del VIH-1 a la TARVAE y su relación con la variabilidad genética. Este ensayo mostró índices de fidelidad, repetitividad y reproducibilidad de 98,7%, 98,8%, y 99,9%, respectivamente. La frecuencia de las mutaciones de resistencia en individuos sin terapia previa fue del 11,4% y del 80,0% en pacientes tratados. La mutación I47V fue significativamente más frecuente en individuos infectados con las CRF (20, 23,24) _BG (p=0,029), mientras que la L210W apareció con mayor frecuencia en individuos infectados
con la CRF19_cpx (p=0,007). Se observó una tendencia a la disminución de la resistencia completa a los inhibidores de la transcriptasa inversa análogos de nucleósidos y a los
inhibidores de la proteasa, así como de la resistencia múltiple a los ARVs (p<0,003). Esta investigación describió la resistencia a los ARVs que se utilizan en las estrategias terapéuticas establecidas en Cuba. Además, informó el incremento de algunas formas recombinantes de origen cubano y su asociación con mutaciones de resistencia. La infección con algunas variantes genéticas recombinantes de origen cubano y la exposición a múltiples regímenes de TARVAE, se relacionaron con la frecuencia alta de mutaciones de resistencia del VIH-1 en Cuba.