Antecedentes: Al no existir tratamiento de reemplazo para la inmunoglobulina A cuando está deficiente o ausente, es necesario aplicar otras terapias. Pacientes y métodos: Para evaluar la eficacia y seguridad terapéutica de la ozonoterapia se realizó un ensayo clínico (RPCEC 00000236), que fue aprobado por el Comité de Ética de la Investigación y los pacientes dieron el consentimiento informado para su inclusión. Fueron asignados aleatoriamente 60 pacientes a dos grupos, uno para recibir ozono por insuflación rectal (grupo estudio) y el segundo Hebertrans® (grupo control), por vía subcutánea. Las variables, evaluación clínica y respuesta terapéutica se midieron al mes y seis meses posteriores, además se identificaron los eventos adversos. Resultados: En el grupo estudio se obtuvo aumento de las inmunoglobulinas G y M, disminución de los parámetros prooxidantes e incremento de antioxidantes endógenos y se reportaron eventos adversos leves. Conclusiones: Con la ozonoterapia se logró efectos beneficiosos sobre el balance de oxidación reducción, los niveles de inmunoglobulinas G y M y la evolución clínica de los pacientes. La terapia con ozono medicinal puede ser una opción de tratamiento adicional, no invasivo, para los pacientes con deficiencia de inmunoglobulina A.