Se realizó un estudio observacional analítico de cohorte retrospectiva de individuos operados de catarata en el período de los años 2000 -2009 en el Instituto Cubano de Oftalmología “Ramón Pando Ferrer”. El propósito de este estudio fue describir la incidencia de Endoftalmitis aguda postoperatoria de catarata en dos períodos: 2000-2007, con tratamientos a criterios del oftalmólogo de asistencia y posterior al 2008 con aplicación de un protocolo de diagnóstico y tratamiento diseñado y validado por el autor. Se comparó el resultado visual alcanzado en los dos períodos en 67 pacientes. Para el procesamiento de la información se calculó tasas de incidencia de endoftalmitis, frecuencias absolutas y relativas (%). Para las comparaciones de frecuencias se utilizó el estadígrafo Ji Cuadrado y para evaluar factores de riesgo, el riesgo relativo (RR) con significación del 95%. La incidencia general fue de 0.11% con tendencia al incremento en los últimos años. Los gérmenes más frecuentes aislados fueron Staphylococcus coagulasa negativo y Pseudomona aeruginosa. Con la implementación de un protocolo de diagnóstico y tratamiento, se logró mejorar los resultados visuales de los pacientes, así como, reducir los índice de Ptisis Bulbi/Evisceración, lo que constituyó un paso de avance en la recuperación final de los pacientes afectados de esta devastadora infección intraocular.