Se presentan los resultados del análisis de las secuencias de la proteasa y transcriptasa inversa del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 extraído de 425 plasmas de pacientes infectados. Las muestras fueron colectadas entre mayo y septiembre del 2003 de individuos sin tratar y tratados con antirretrovirales. Después de hacer los análisis filogenéticos del segmento del gen de la polimerasa del VIH-1 amplificado, buscamos posible asociación de las formas genéticas del virus más representativas con preferencia sexual y región. Así mismo, determinamos el porcentaje de mutaciones asociadas a resistencias a los inhibidores de la transcriptasa inversa y la proteasa. En el análisis filogenético encontramos los subtipos: B, 41,2%; C, 6,1%; G, 3,8%; y H, 2,1%; y entre las formas recombinantes: CRF19_cpx, 18,4%; recombinantes BG, 11,6%; CRF18_cpx, 7,1%; recombinante B/CRF18, 2,6%; recombinante B/CRF19_cpx, 1,7%; así como un 5,4% de otros subtipos o recombinantes únicos. Los resultados corroboraron la gran diversidad genética del VIH-1 en Cuba y adelantan la posible existencia de tres nuevas formas recombinantes circulantes relacionadas filogenéticamente. El análisis estadístico arrojó una significativa correspondencia entre el subtipo B y los hombres que tienen sexo con otros hombres y entre el subtipo G y los heterosexuales. Entre las formas genéticas principales del VIH-1 aparecieron algunos subgrupos, asociados estadísticamente con las variables de estudio. El porcentaje de mutaciones que confieren resistencia a los inhibidores de la transcriptasa inversa fue de 52,2% en los virus de pacientes tratados con estos inhibidores y del 5,2% en los de los no tratados; mientras que a los inhibidores de la proteasa fue del 30% los virus de pacientes tratados y del 3,2% en los de los no tratados. Se compararon los porcentajes de mutaciones asociadas a resistencia entre las formas genéticas no-B más frecuentes y el subtipo B y no se hallaron diferencias significativas entre ellas.