Antecedentes: La evaluación del candidato vacunal cubano contra el neumococo (PCV7-TT) ha significado un reto en la investigación clínica de vacunas preventivas para su registro sanitario y monitoreo del impacto. Objetivo: Evaluar la seguridad, inmunogenicidad y los cambios en la colonización nasofaríngea (CNF) asociados a la vacunación antineumocócica en preescolares de Cienfuegos, 2013-2016. Métodos: Se combinaron tres diseños metodológicos: 1) estudio observacional transversal analítico para estimar la proporción de CNF y los factores de riesgo asociados; 2) ensayo clínico controlado, aleatorizado, a doble ciego para evaluar la seguridad e inmunogenicidad de PCV7-TT comparado con Prevnar13® y 3) estudio de casos y controles tipo caso-caso para explorar los efectos tempranos en la CNF en vacunados y población general. Resultados: La CNF se produce desde los primeros meses de vida, alcanzó mayores proporciones en los mayores de dos años (32%), con predominio de los serotipos vacunales (SV). PCV7-TT mostró perfil de seguridad e inmunogenicidad no inferior a la vacuna control Prevnar13®. Un año después de la vacunación existió una disminución en la CNF por SV, superior al 70%. Conclusión: La CNF por neumococo tiene elevadas prevalencias en niños cubanos. PCV7-TT resulta una alternativa segura, inmunogénica y reduce significativamente la carga de CNF.